微波殺菌設備是針對食品的殺菌而制造的微波應用設備。因為食品殺菌的種類繁多，有粉狀食品殺菌、顆粒狀食品殺菌、罐頭食品殺菌、袋裝食品殺菌等，每種產品都是不一樣的，而且不是每種產品都能用微波殺菌，所以微波殺菌設備要根據不同的產品和工藝來制造。

微波對于粉狀食品的殺菌，也有的要求，要求產品含水量達到15%，溫度達到80-85度，這樣才能降低產品菌落總數，也能將霉菌、大腸桿菌大量的殺滅。